PyMOL

PyMol lässt sich das GUI und die Kommandozeile in Kombination nutzen. Von dem Menü aus hat man Zugriff auf zahlreiche Konfigurationseinstellungen: Zoomen, Beschriften, Färben etc. Sehr interessant ist die Möglichkeit, Filme zu erstellen, auf denen sich die Bewegung von geladenen Molekularstrukturen verfolgen lässt. Falls Sie bestimmte Vorgänge häufig ausführen, lässt sich mit PyMol ein Skript erstellen, sodass Sie nicht die selben Schritte immer wieder ausführen müssen. Die Rendering-Funktion von PyMol verwendet die 'built-in ray' Technologie, die Schattierung und Farbtiefe in beinahe jeder Szene unterstützt. Ausgabeformat von PyMOL ist PNG.